Cara kerja SDS adalah

SDS akan melapisi protein dengan muatan negatif yg seragam, yang menutupi muatan intrinsik pada kelompok R. SDS berikatan scr merata dengan protein linier (sekitar 1,4g SDS / 1g protein), artinya bahwa muatan protein sekarang kira-kira sebanding dengan berat molekulnya. SDS juga terdapat pada gel untuk menjaga linearitas protein dan membungkus nya dan tetap dlm muatan negatif selama running